Auch in Deutschland hat der Verband eine bewegte Vergangenheit hinter sich und hatte in den vergangenen 33 Jahren mit vielen Problemen zu kämpfen. Der Verband erlebte viele Sternstunden, doch es gab auch immer wieder Rückschläge zu verkraften. Es verlief nicht alles reibungslos, auch wenn Deutschland unter der Führung von Georg F. Brückner viele große Erfolge feiern konnte.

Nach dem Rücktritt von Brückner lief es in Deutschland noch einige Jahre ganz gut. Doch nach und nach schrieb der Deutsche Kickboxverband aus den unterschiedlichsten Gründen rote Zahlen. Nach dem finanziellen Desaster der WM von 1995 in Stuttgart, musste der damals gegründete Verband, der den Namen Deutscher Kickboxverband trug, im Jahr 1997 nach finanziellen Problemen den Konkurs anmelden.

Um das Kickboxen in Deutschland nicht untergehen zu lassen, trafen sich am 05.07.1997 einige Kickboxbegeisterte,  die dies verhindern wollten und gründeten die WAKO Deutschland e.V. Man bot nach der Gründung allen Kickboxvereinen an, sich der WAKO Deutschland anzuschließen.

Doch auch mit dem neuen Verband ging es nicht so recht voran. Nach erneuten finanziellen Problemen wechselte die Geschäftsstelle im Jahr 1998 von Hessen nach Bayern.

Von da an ging es dem Verband finanziell besser, da die neue Geschäftsstelle professioneller arbeitete. Im Jahr 1999 stand der neu gegründete Verband jedoch wieder vor dem Ende, da es nach einer erneuten sportlichen Pleite nach der EM in Leverkusen um den Verband nicht sehr gut bestellt war.

Alle waren sich einig, dass es so nicht weiter gehen konnte. Es kam zu einer dramatischen Versammlung, in der Neuwahlen anstanden und der damalige Präsident Ludger Dietze stand nicht mehr zur Wahl. Zunächst war niemand bereit,  das sinkende Schiff WAKO Deutschland zu übernehmen.

Letztendlich war es Peter Zaar (Nordrhein Westfalen), der sich dazu durchringen konnte, als Präsident die Führung des Verbandes zu übernehmen und das Schiff wieder auf Kurs zu bringen und so die WAKO Deutschland e.V. vor dem Untergang zu retten.

Ihm standen mit Michael Wübke (Hamburg) als Vizepräsident und Werner Soßna (Bayern), ebenfalls als Vizepräsident und Geschäftsführer, zwei weitere Personen zur Seite, denen das Kickboxen ganz besonders am Herzen liegt.

Seit diesem historischen Wechsel in der Verbandsführung geht es mit der WAKO Deutschland stetig bergauf. Nicht nur in finanzieller, sondern auch in sportlicher Hinsicht.

Das Führungsteam besetzte wichtige Positionen mit Personen, bei denen Kickboxen ebenfalls eine besondere Rolle einnimmt und die Interesse daran zeigten, den Verband stärker zu machen. Was dem Führungsstab und seinen Helfern in den folgenden Jahren auch gelang.

Die Turnierorganisation wurde immer wieder verbessert, die Kampfrichterausbildung vorangetrieben und das Online Scoring-System bei den Turnieren eingeführt.

So fanden immer mehr Vereine den Weg in die WAKO und der Verband wurde von Jahr zu Jahr größer. Erfreulich ist auch die große Zahl von Mädchen und Frauen die im Kickboxen aktiv sind und von Anfang an in unserem Sport integriert waren.

2011 forcierte die WAKO Deutschland mit dem Projekt DOSB ihre Bemühungen auf dem Weg, die seit langem angestrebte Anerkennung des Verbandes durch den Deutschen Olympischen Sportbund zu erlangen. Zur deutschen Meisterschaft in Leipzig startete die Imagekampagne „KICKBOXEN – WIR gehören zur deutschen SPORTFAMILIE“.

Im Jahr 2015 wurde mit Jürgen Schorn (Präsident) sowie Rudi Brunbauer, Dirk Kindl und Andreas Riem als Vizepräsidenten ein neuer Vorstand gewählt.

Der WAKO Deutschland e.V. sind zurzeit 15 Landesverbände angeschlossen. Von den angeschlossenen Landesverbänden sind Hessen, Berlin-Brandenburg, Sachsen, Hamburg, Niedersachsen, Bayern, Schleswig-Holstein, das Saarland und Nordrhein-Westfalen vom jeweiligen Landessportbund anerkannt. Im Jahr 2017 konnte die WAKO in Deutschland 362 Mitgliedsvereine mit rund 24.000 Mitgliedern verbuchen.

Am 25.08.2016 beantragte die WAKO Deutschland die Aufnahme in den DOSB. Am 2. Dezember 2017 ist der Bundesfachverband für Kickboxen e.V. (WAKO Deutschland) Mitglied im Deutschen Olympischen Sportbund (DOSB) geworden und ist damit der nationale Spitzenverband für die Sportart Kickboxen.
Die WAKO Deutschland wird der Gruppe der Nichtolympischen Verbände zugeordnet. Dies ist aus deutscher Sicht ein weiterer Meilenstein in der Geschichte dieser immer noch jungen Sportart.